Excesso de mortalidade nos EUA | R-bloggers

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O CDC divulgou recentemente alguns novos dados sobre contagens de mortalidade por estado e causa de morte nos EUA, permitindo-nos dar uma olhada nos padrões de mortalidade excessiva devido à pandemia de COVID-19. Eu coloquei os dados no pacote covdata. Como ilustração do tipo de coisa que você pode fazer com ele – e do tipo de coisa que você pode fazer com ggplot e R – aqui está um gráfico de vários aspectos da mortalidade nos Estados Unidos até agora este ano.

Uma visão geral da mortalidade nos EUA em 2020

Uma visão geral da mortalidade nos EUA em 2020

Esta figura possui três painéis. No topo está a contagem semanal de mortes por todas as causas nos Estados Unidos. As contagens para 2020 até agora estão destacadas em vermelho. Em cinza estão as contagens equivalentes para os anos de 2015 a 2019. Dados mais ou menos confiáveis ​​estão disponíveis para cerca das primeiras trinta semanas do ano até agora, então paramos por aí. Se você não está familiarizado com dados de mortalidade desse tipo, uma coisa que vai chamar sua atenção é seu caráter fortemente sazonal. As pessoas têm maior probabilidade de morrer no inverno do que no verão. Você também notará a estabilidade relativa desses padrões. As linhas cinzas nos últimos cinco anos são bastante estáveis, à medida que o ciclo normal das coisas continua. É esse caráter padronizado dos dados que nos permite inferir excesso de mortalidade, quando as coisas estão piores do que o normal por algum motivo. Nem tudo está consertado, é claro. Por exemplo, a temporada de gripe no inverno de 2017-2018 foi excepcionalmente severa e é a razão de haver um pico alto para uma das linhas cinzas. A gravidade da gripe é fácil de subestimar.

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O painel inferior esquerdo mostra os mesmos dados semanais do painel superior, mas divididos pela principal causa de morte. As causas são ordenadas da mais alta para a mais baixa por prevalência, com Neoplasias Malignas (ou seja, câncer) e doenças cardíacas sendo as principais causas no país nesses dados. O painel inferior direito mostra o próprio cálculo do CDC da diferença percentual entre cada causa de morte até agora neste ano em comparação com sua média nos cinco anos anteriores. A ordem dos painéis é a mesma, do maior para o menor número geral de mortes. Mas, como os gráficos de coluna mostram mudanças semanais, você pode ver onde o excesso de mortes está sendo registrado em cada causa.

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Acho que os dados deixam alguns padrões bem claros. Mais obviamente, as mortes atribuídas à gripe e pneumonia aumentam a partir de cerca de dez semanas no ano. Mas o mesmo acontece com as mortes por Alzheimer, hipertensão e diabetes. Embora eu não seja um especialista em saúde pública, acho que a distribuição desses picos é claramente sugestiva do impacto diferencial em vários grupos de pessoas, como idosos e aqueles com maior probabilidade de sofrer de várias doenças.

Como eu disse, esses dados estão disponíveis tanto em nível estadual quanto nacional. Aqui, por exemplo, está o mesmo gráfico para Nova York:

Estado de Nova Iorque

Estado de Nova Iorque

E aqui, por contraste, está a Geórgia:

Georgia

Georgia

Imagino que um mergulho sério nesses dados revelaria não apenas variações estruturais entre os estados, mas também evidências de diferenças nos relatórios e na atribuição. Os dados para estados com populações menores são obviamente muito mais barulhentos do que para os maiores, já que dividir as coisas por quatorze causas de morte em uma base semana a semana faz com que você perca os graus de liberdade rapidamente.

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Esses gráficos foram todos feitos em R e ggplot, e a montagem dos vários painéis foi facilitada muito mais graças ao fabuloso pacote de patchwork de Thomas Lin Pedersen. A combinação de patchwork e purrr torna a produção de uma grande quantidade de parcelas bastante eficiente. Colocarei um repositório com o código no GitHub depois de limpá-lo um pouco. Entretanto, aqui estão links para gráficos de todas as jurisdições nos dados. Lembre-se de que os gráficos possuem eixos y diferentes, cada um apropriado à faixa de variação dentro de cada estado e diretamente conectado ao número de pessoas que vivem naquela jurisdição. Portanto, você não pode simplesmente sobrepor um em cima do outro. Para uma versão PDF de qualquer um deles, substitua o .png extensão no nome do arquivo com um .pdf.



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