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Em nosso último post, apresentamos a biblioteca FlexiBLAS, chegando ao Fedora 33, e o acompanhamento flexiblas Pacote R, que permite a alternância ao vivo do backend BLAS entre as várias opções de código aberto disponíveis nos repositórios do Fedora.
Nesta postagem, demonstramos como instalar, registrar-se no FlexiBLAS e, finalmente, mudar para a Biblioteca de Kernel de Matemática da Intel (MKL) em algumas etapas. Primeiro, preparamos um ambiente adequado usando docker:
$ docker run --rm -it fedora:33 $ dnf install 'dnf-command(config-manager)' # install config manager $ dnf install R-flexiblas # install R and the FlexiBLAS API interface for R
Em seguida, adicionamos o repositório YUM da Intel, importamos a chave pública e instalamos o MKL:
$ dnf config-manager --add-repo https://yum.repos.intel.com/mkl/setup/intel-mkl.repo $ rpm --import https://yum.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS-2019.PUB $ dnf install intel-mkl # or a specific version, e.g. intel-mkl-2020.0-088
Então, em uma sessão R:
library(flexiblas)
flexiblas_load_backend("/opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so")
#> flexiblas BLAS /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so not found in config.
#> BLAS /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so does not provide an integer size hint. Assuming 4 Byte.
#> [1] 2
backends [1] "OPENBLAS-OPENMP"
#> [2] "/opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so"
E é isso: agora, podemos alternar entre o padrão e o MKL. Como em nosso post anterior, vamos compará-los com um benchmark GEMM simples:
n backend timing [s] performance [GFlops] #> 2 /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so 3.487 4.588471 #> 1 OPENBLAS-OPENMP 0.754 21.220159
E ainda assim o OpenBLAS balança!
Para perguntas, sugestões ou questões relacionadas a esta interface R, por favor use seu rastreador de problemas ou a lista de discussão R-SIG-Fedora. Para problemas mais gerais, use o Red Hat Bugzilla ou o rastreador de problemas do upstream.
Artigo publicado originalmente em Enchufa2.es: Instalando e mudando para MKL no Fedora.
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