Novo pacote – {cdccovidview} – Para trabalhar com os novos rastreadores COVID-19 do CDC dos EUA: COVIDView e COVID-NET

Os Centros de Controle de Doenças dos Estados Unidos (CDC a partir de agora) configuraram dois novos recursos de vigilância pública para o COVID-19. Juntos, o COVIDView e o COVID-NET fornecem dados de vigilância semanal semelhantes aos do FluView para doenças semelhantes à influenza (ILI).

Os recursos do COVIDView são tabelas HTML (O_O) e, embora a interface COVID-NET forneça um botão de “download”, não há API exposta para facilitar a comunidade epidemiológica trabalhar com esses conjuntos de dados.

Digite {cdccovidview} – https://cinc.rud.is/web/packages/cdccovidview/ – que raspa as tabelas e usa a API oculta da mesma maneira {cdcfluview} (https://cran.rstudio.com/web /packages/cdcfluview/index.html) serve para os dados do FluView.

Os dados semanais de casos, hospitalização e mortalidade estão disponíveis nos níveis nacional, estadual e regional (quando fornecidos) e tentei normalizar os campos em cada uma das tabelas / conjuntos de dados (eu odeio selecioná-los quando estão inativos, mas esses dois sites estão seriamente abaixo do ideal do UX e apenas da perspectiva geral de uso).

Depois de seguir o URL acima para obter informações sobre como instalar o pacote, ele deve “apenas funcionar”. Nenhuma chave de API é necessária, mas o CDC pode alterar o layout das tabelas e da estrutura de campos da API oculta a qualquer momento, portanto, fique de olho nas atualizações.

Usá-lo é bastante simples, basta usar uma das funções para obter os dados desejados e depois trabalhar com eles.

library(cdccovidview)
library(hrbrthemes)
library(tidyverse)

hosp                                                    
##  1 Entire Network COVID-NET 2020  2020      10        0-4 yr                   0           0  
##  2 Entire Network COVID-NET 2020  2020      11        0-4 yr                   0           0  
##  3 Entire Network COVID-NET 2020  2020      12        0-4 yr                   0           0  
##  4 Entire Network COVID-NET 2020  2020      13        0-4 yr                   0.3         0.3
##  5 Entire Network COVID-NET 2020  2020      14        0-4 yr                   0.6         0.3
##  6 Entire Network COVID-NET 2020  2020      15        0-4 yr                  NA          NA  
##  7 Entire Network COVID-NET 2020  2020      16        0-4 yr                  NA          NA  
##  8 Entire Network COVID-NET 2020  2020      17        0-4 yr                  NA          NA  
##  9 Entire Network COVID-NET 2020  2020      18        0-4 yr                  NA          NA  
## 10 Entire Network COVID-NET 2020  2020      19        0-4 yr                  NA          NA  
## # … with 4,580 more rows

c(
  "0-4 yr", "5-17 yr", "18-49 yr", "50-64 yr", "65+ yr", "65-74 yr", "75-84 yr", "85+"
) -> age_f

mutate(hosp, start = mmwr_week_to_date(mmwr_year, mmwr_week)) %>%
  filter(!is.na(weekly_rate)) %>%
  filter(catchment == "Entire Network") %>%
  select(start, network, age_category, weekly_rate) %>%
  filter(age_category != "Overall") %>%
  mutate(age_category = factor(age_category, levels = age_f)) %>%
  ggplot() +
  geom_line(
    aes(start, weekly_rate)
  ) +
  scale_x_date(
    date_breaks = "2 weeks", date_labels = "%bn%d"
  ) +
  facet_grid(network~age_category) +
  labs(
    x = NULL, y = "Rates per 100,000 pop",
    title = "COVID-NET Weekly Rates by Network and Age Group",
    caption = sprintf("Source: COVID-NET: COVID-19-Associated Hospitalization Surveillance Network, Centers for Disease Control and Prevention.n; Accessed on %s", Sys.Date())
  ) +
  theme_ipsum_es(grid="XY")

FIN

Isso é novo e – como observado – as coisas podem mudar ou quebrar devido a alterações no site do CDC. Também posso ter perdido uma ou duas mesas (é um site realmente terrível).

Se você perceber que algo está faltando ou desejar uma interface diferente para vários pontos de extremidade de dados, elimine um problema ou relações públicas sempre que estiver mais confortável.

Fique seguro!

Relacionado